本发明公开了一种纺锤形赖氨酸芽孢杆菌菌株及其用途，为赖氨酸芽孢杆菌属，命名为纺锤形赖氨酸芽孢杆菌GZU-Lys01，于2019年12月31日保藏于中国典型培养物保藏中心，保藏号为CCTCC NO：M20191140。本发明纺锤形赖氨酸芽孢杆菌(Lysinibacillus fusiformis strain)GZU-Lys01可以有效地解离煤矸石中的难溶性和/或不溶性的磷、钾、氮等成分，转变成有效磷、速效钾、水解氮等植物吸收的营养物质成分。特别是GZU-Lys01能有效地使煤矸石中的难溶性磷和/或不溶性磷转变为有效磷，同时GZU-Lys01也能有效地解离其它的含磷矿物，使用GZU-Lys01制备煤矸石微生物肥料时，可适当掺杂其它的含磷矿物，增加制备微生物肥料的磷源。GZU-Lys01菌株使煤矸石资源化再利用成为可能。