本发明公开了一种过地质构造煤层巷道围岩结构及其超前改性掘进的方法，包括巷道；巷道位于第一煤层和第二煤层之间，巷道、第一煤层和第二煤层均位于顶板的底部；顶板中安装有多个第一注浆改性机构，第一注浆改性机构同时穿插在第一煤层或第二煤层对应的顶板和巷道对应的顶板中；穿插在第一煤层上的第一注浆改性机构与穿插在第二煤层上的至少一个第一注浆改性机构连接。本发明提供的过地质构造煤层巷道围岩结构，将第一注浆改性机构同时穿插在两侧煤层对应的顶板和巷道对应的顶板中，并将设在不同煤层的第一注浆改性机构连接，有效将由于地质构造或者其他原因造成的裂隙破碎带胶结成完整的结构，提高了结构的强度。