船闸运行动态水位监测系统及监测方法，包括光纤光栅传感器组、配线盒、光缆、光纤光栅解调器、中央处理系统。所述光纤光栅传感器组为多组，每个测量点布设一组光纤光栅传感器组，任意一组光纤光栅传感器组由一根光纤上串接多个不同反射波长的光纤光栅传感单元构成，实现单点多只传感器检测水位。多组光纤光栅传感器组连接配线盒，配线盒通过光缆连接光纤光栅解调器，光纤光栅解调器连接中央处理系统。本发明系统实现高水头船闸边工作边检验的水位监测功能，不仅提高船闸运行水位控制的可靠性，降低单点多只水位计测量方式的成本；同时提升水位传感设备的抗干扰性，延长水位传感设备更换周期。