本发明公开了一种用于配置多能互补供电系统的方法及系统，属于供电系统规划设计技术领域。本发明方法，包括：获取多能互补供电系统的基本信息，根据基本信息，建立多能互补供电系统的双层优化模型；获取多能互补供电系统的双层优化模型配置数据；进行初始化设置，当初始化完成后，根据配置数据，对多能互补供电系统的双城优化模型进行仿真运行，获取配置方案，根据配置方案配置多能互补供电系统。本发明能够同时适用于并网型及独立型多能互补供电系统配置方案设计，具备良好的通用性。