本发明涉及一种分子级炼油加工全流程优化方法、装置、系统及存储介质。本发明实施例从分子级原油加工流程模拟预测得到的混合产品，当任一混合产品的产品物性不符合任一预设标准，或者，混合产品的目标参数未符合预设条件，调整不同馏分进入相应石油加工装置的比例，调整产物预测模型中的操作参数，调整预测产物进行混合的混合规则，重新得到混合产品，直至所有混合产品的产品物性符合任一预设标准，且所有混合产品的目标参数符合预设条件，通过调整馏分进行二次处理的比例，预测最终的预测产物，通过对生产工艺进行仿真优化，提高生产效益。