本发明公开了一种降低HFETR堆芯不均匀性的方法，依次提升安全棒、自动棒和手动补偿棒，所述手动补偿棒的具体提棒过程如下：1)、提升SB9和SB12；2)、提升SB10、SB11、SB13和SB14；3)、提升SB3和SB6；4)、提升SB4和SB7；5)、提升SB1和SB2；6)、提升SB5和SB8。本发明在相同的堆芯装载布置下，仅改变提棒顺序，即可大幅降低堆芯内不均匀系数，提高反应堆的安全裕度，进而提高反应堆运行的安全性；本发明在相同的堆芯装载布置下，仅改变提棒顺序，即可提高同位素产量，提高反应堆运行的经济性。