本发明公开了一种用于控制电力系统多断面有功潮流的方法及系统，属于电力系统技术领域。本发明方法，包括：选取相关系数符合预设标准的元素，生成相关矩阵；根据相关矩阵，确定电力系统目标区域的断面的拟合调整量，获取拟合调整量和目标调整的调整误差；确定电力系统目标区域的功率平衡状态、发电机出力上下限、负荷上下限和断面调整量的上下限；确定电力系统目标区域发电的调整量和发电机出力的调整量；根据实际调整量调整电力系统目标区域的有功潮流。本发明利用区内发电量、负荷与断面有功潮流大小的关系，对多断面有功潮流进行控制，能够对多个断面有功潮流进行精确的控制，实现多断面潮流协同控制，且不存在收敛性问题且计算量小。