本发明公开了一种高纯甘油深度纯化方法，包括：将甘油原料进行高速逆流色谱分离，采集不同时段的洗脱份，收集甘油洗脱份；将收集的甘油洗脱份采用低温减压蒸馏回收溶剂后，得到高纯度甘油。本发明提供了一种高纯甘油的深度纯化方法，保证甘油粗品中甘油与甘油醛、甲醛等还原性物质、脂肪酸、二聚甘油的有效分离，从而得到高纯度的甘油，保证了最终甘油产品中的杂峰总量≤0.01％，醛及还原性物质≤0.5ppm，脂肪酸及酯≤0.1mL。因高速逆流色谱的固定相和流动性都是液体，均可回收使用，相对于传统的色谱分离，本工艺无固体载体吸附损耗、样品回收率高；无固定相的耗材消耗，分离成本降低。对于传统的工艺，该工艺具有操作方便、生产周期短，收率高的优点。