本发明公开了一种双模隧道掘进机在频变地层的掘进模式选择判别方法，其步骤包括双模隧道掘进机始发段地质环境识别判断、始发阶段模式判别、掘进过程模式选择判别，在掘进过程中进行模式选择时，以装备关键岩机地质感知参数为切入点，通过隧道掘进机关键参数智能分析判别，辅以地勘资料及渣样分析来实现TBM和EPB模式转换的精确判断。本发明解决了双模隧道掘进机最佳模式转换位置判别难题，通过精确的模式转换时机判别，使双模隧道掘进机不同模式的应用更具规范性，提高了双模隧道掘进机在频变地层中的掘进效率，避免了因模式选择不当、判断不准确影响施工效率和引发工程风险。