本发明公开了一种基于动态平衡扑翼的高空风能发电系统，包括发电机构，其包括发电机和变速器以及两套发电驱动装置，两套发电驱动装置之间通过换向离合器连接；导索机构一端连接在驱动装置上，另一端与扑翼连接；松紧索机构包括动力装置和松紧索，松紧索一端与导索机构连接，另一端与动力装置连接，通过动力装置控制其长度控制扑翼俯仰交替运动；扑翼通过导索机构与驱动装置连接，通过扑翼的俯仰交替运动带动驱动装置驱动发电机进行发电。本发明扑翼的气动力即可用于牵引地面发电机发电又可用于平衡自身重力，进一步利用双扑翼进行高空风能采集可以消除传统牵引发电的恢复段、实现全周期发电的目标，进而提高系统能量采集的效率。