本发明公开了三维荧光光谱法在识别产麻痹性贝类毒素微藻中的应用。本发明通过提取产PSP藻类和不产PSP藻类在不同环境条件下生长的三维荧光光谱信息，运用Coif2小波函数提取实验藻类的特征峰，再用系统聚类法进行聚类分析，剔除异常谱，筛选标准谱，得到Coif2荧光特征标准谱库，依据该荧光特征标准谱库建立的判别函数对产PSP藻类和不产PSP藻类判别，判别正确率分别为77.3％和84.5％，正确率很高，基本实现了对产毒藻快速准确识别的目的。本发明首次提供了三维荧光光谱法在识别产麻痹性贝类毒素微藻中的应用的研究成果，其可应用于赤潮藻类识别传感器或便携式藻类荧光识别仪等方面。