本发明公开了一种用于直流配电网的扁平化运行控制方法及系统，属于直流配电网运行控制技术领域。本发明方法，包括：将直流配电网的原三层控制架构，修改为以上层管理系统和底层终端在内的扁平化控制架构；建立能量优化模型，根据能量优化模型生成底层终端的最优功率命令；获取底层终端的控制特征，根据控制特征生成多分段有功‑电压P‑U特性曲线；确定下垂系数，根据下垂系数及控制策略对底层终端的单元进行下垂控制模式切换，控制直流配电网扁平化运行。本发明一方面可节省在控制系统上的投资，另一方面系统中各底层终端根据制定好的多分段有功‑电压P‑U特性曲线实现控制的自主切换，可实现终端层面的即插即用功能。