本发明涉及一种氧化锌纳米抑菌复合物、其制备方法。所述制备方法包括氧化锌纳米粒子的制备、氧化锌纳米粒子表面介孔二氧化硅修饰和表面两性基团修饰。具体通过氧化锌纳米粒子表面修饰介孔二氧化硅，既能使得氧化锌纳米粒子发挥抑菌作用，又避免了氧化锌纳米粒子抑菌核心与粮食直接接触所带来的污染，且更重要的是，设计的两性基团C16CA能够使得氧化锌纳米复合物具有“酸沉碱溶”的特性，能够通过漂洗进行去除，彻底消除了氧化锌纳米抑菌复合物所可能带来的食品安全隐患。