本发明公开了一种分子膜覆盖堆肥发酵设备及其使用方法，包括支撑导轨、龙门吊、分子膜和检测探头，所述支撑导轨上方设置有所述龙门吊，所述龙门吊上设置有吊装控制器，所述支撑导轨之间设置有第一定位支撑。有益效果在于：本发明通过设置第一发酵箱体、第二发酵箱体和第三发酵箱体，可以对堆肥进行循环发酵处理操作，有效的提升堆肥发酵的效率，通过设置弹性卡条和梯形卡槽，可以快速的将分子膜固定在弹性卡条和梯形卡槽之间，提升分子膜铺设的效率，通过设置密封槽和密封圈，可以提高检测探头与第一发酵箱体、第二发酵箱体以及第三发酵箱体结合部位的密封效果，进而确保堆肥发酵有一个相对密封的发酵环境。