本发明涉及一种功能生物有机肥的制备方法，通过生物发酵起爆剂堆肥发酵菌渣和畜禽粪便，并在发酵高温段结束后添加生物功能增效剂以提升发酵质量。得到的功能生物有机肥中，有机质含量不低于65％，微生物活菌数不低于2亿/g，生物腐殖酸含量不低于22％，氮磷钾总含量不低于8％，中微量元素含量不低于2.0％。本发明提供的制备方法能够消除菌渣、畜禽粪便等对环境的污染，实现来源于土壤的碳氮回馈土壤的资源循环。得到的功能生物有机肥有机质含量高，养分及功能齐全，富含腐殖酸，中微量元素、矿物质、功能菌剂齐全，能够作为资源化产品促进土壤改良修复和满足作物生长需要。