一种氟噻唑吡乙酮对映体的拆分制备方法，属于化合物拆分技术领域。该方法包括以下步骤：（1）配制氟噻唑吡乙酮消旋体溶液；（2）准备色谱仪；（3）以步骤（1）得到的氟噻唑吡乙酮外消旋体溶液为进样，在步骤（2）所述的色谱仪上进行分离，选择有机相0-1%甲酸-乙腈或甲醇、水相0-10 mmol/L乙酸铵或甲酸铵水溶液作为流动相，等度或梯度洗脱；（4）采用检测器测定，同时在馏分收集器中收集氟噻唑吡乙酮手性单体馏分。本发明提供了一种能有效分离、且具备制备一定规模的氟噻唑吡乙酮手性对映单体，具有分离获得氟噻唑吡乙酮单体纯度高、制备量大的特点，可用于对单体的活性、毒性以及残留代谢分析研究。