本发明公开了一种变压器油纸绝缘智能除水系统及其控制方法，涉及变压器技术领域，包括干燥桶(1)、油滤(2)、进油阀(5)、出油阀(3)、微水变送器(6)、流量计(8)、油泵(7)、主控制器、人机交互界面和上位机，解决了有效的对变压器进行在线除水的技术问题，本发明在除水系统正常工作的前另外设置了一个运行阶段，使除水动作在执行前可以得到很好的预运行，可以在预运行的阶段对除水系统的各个模块进行工作状态监测，极大的保证了后边除水动作的正常执行，本发明在除水系统正常工作完毕后又另外设置了一个运行阶段，杜绝了除水未净的状况发生。