本发明属于农药复配技术领域，具体涉及一种含有甲基硫菌灵的杀菌组合物及其应用。所述杀菌组合物由第一活性成分甲基硫菌灵、第二活性成分metyltetraprole及助剂组成，甲基硫菌灵与metyltetraprole的重量比是15:1-1:1。该组合物在实际应用中可制成农药上允许的多种剂型，比如悬浮剂、可湿性粉剂、水分散粒剂、乳油、可分散油悬浮剂。该组合物对农作物上的真菌病害具有一定的增效作用，能够减少农药使用量、降低成本、延缓病原物抗性的产生。