本发明公开一种联轴同镗轴孔精度保证方法。本发明适用于定位尺寸段长、联轴法兰厚度大的水电机组联轴定位孔的精确加工。联轴后通过对联轴定位孔同镗定位找正段，先保证联轴孔定位段精确位置，再将两轴拆开分别单轴加工；单轴加工时按把合法兰面和已确定位置的找正段找正镗孔，保证每个镗孔尺寸精度和形位公差，并在精镗孔后通过单件和装配分别核准镗孔精度。本发明通过拆开联轴体单件镗孔使加工用刀具悬伸缩短、减小设备行程，降低了刀具悬伸挠度偏差和机床精度偏差、提高制造精度，减少高精刀具、高精设备的配置，节约制造成本，具有工艺操作方便、精度可靠等优点。