本发明公开了一种提高硅藻中岩藻黄素产量的方法及其应用。该方法包括如下步骤：S1：将硅藻接种至培养基中，在培养光光照条件下培养至对数生长期；其中，培养光为红蓝混合光，其红光与蓝光的比例为100～0:0～100(不包括0)；S2：将步骤S1中获得的对数生长期的硅藻细胞，在诱导光光照条件下、同时在培养基中补充氮源继续培养，以提高岩藻黄素产量；其中，诱导光为在步骤S1中的培养光的基础上添加纯蓝光获得的光质，该培养光与纯蓝光的光强比为1～4:1～2。采用本发明的方法可以促进细胞生长以及提高岩藻黄素的产量，可以运用于培养硅藻或生产岩藻黄素方面。