本发明公开了一种油气两用锅炉燃料自动切换控制系统，包括锅炉、油气两用燃烧器和油气切换装置，燃烧器的出口与锅炉燃烧腔连通，所述燃烧器的入口与油气切换装置连接，油气切换装置还分别与燃气管道和燃油管道连接；燃气管道上设有燃气电磁阀，燃气电磁阀的两侧分别设有燃气压力传感器；燃油管道上设有燃油电磁阀，燃油电磁阀的两侧分别设有燃油压力传感器；还包括控制器，所述控制器分别与燃气压力传感器、燃油压力传感器、燃气电磁阀和燃油电磁阀连接。本发明的油气两用锅炉燃料自动切换控制系统，提高了切换效率；可以实现同时切换时保证油气两用燃烧器燃烧的稳定。