本发明公开了一种计及变压器移相作用确定短路电流的方法及系统，属于电力系统技术领域。本发明方法，包括：获取电力系统电网短路故障后的故障数据及变压器时钟序数，根据故障数据及时钟序数，建立计及变压器移相作用的变压器模型，根据变压器模型，确定计及变压器移相作用的不对称的导纳矩阵；对导纳矩阵进行LU分解，获取导纳矩阵的L阵和U阵的稀疏结构链表信息；根据L阵和U阵的稀疏结构链表信息，确定电力系统电网短路故障后，故障点的电流及母线电压；根据故障点的电流及母线电压，确定计及变压器移相作用的短路电流。本发明能够使得故障点电流计算结果更为合理，各支路的A、B、C相电流合成结果正确。