本发明涉及一种用于输电线路行波测距的数据处理系统及方法，FPGA记录采样数据的时标数据；对采样数据进行抽取；将采样数据存入高速采样数据缓存区，将时标存入高速采样数据时标缓存区，将所抽取的数据存入低速采样数据缓存区；测距CPU读取低速采样数据采样缓存区的抽取数据并进行启动逻辑判断，如果满足，则获取高速采样缓存区的数据及对应时标，得到行波波头对应的时标作为行波波头对应时刻。本发明一方面减少了CPU的计算数据量，提高了计算效率，另一方面采用高速采样数据进行故障时刻判断，保证了故障判断的精度。解决了嵌入式开发CPU无法快速处理高速采样数据及时标进行行波测距的问题，满足了高精度行波测距的要求，并有利于电力系统故障定位和快速修复。