本发明公开了一种海上风电系统及其故障清除方法，所述海上风电系统包括：海上控制器和至少两个海上风电模块，所述海上控制器与每个海上风电模块连接；每个风电模块包括：风电场、隔离开关S1、旁路开关S2和旁路二极管D；所述风电场通过电缆与所述隔离开关S1和所述旁路开关S2串联，所述旁路开关S2与所述旁路二极管D并联；相邻海上风电模块中的旁路二极管D串联后，再通过电缆与并网变流器串联；当所述海上控制器判定任一风电场发生接地故障时，控制与故障风电场连接的隔离开关S1和旁路开关S2动作，隔离所述故障风电场，并由所述并网变流器配合控制直流回路中的电流不过流。本发明实现了通过动作隔离开关和旁路开关将发生故障的风电场隔离。