本发明公开了一种复方金银花微囊的制备工艺，将金银花加入水，再加入氯化钠及复合酶，加热浸提，过滤，收集金银花滤液；将连翘、黄芩加入提取罐，再加入水煎煮过滤，合并滤液后再与金银花滤液；浓缩，得浸膏，再经过脉冲气流干燥机干燥，得复方金银花干膏粉；将茶皂素、鼠李糖脂、魔芋胶和明胶加入水中，加热搅拌均匀，得囊材液；将复方金银花干膏粉、增塑剂和囊材液加入均质机进行均质处理，得混合药物；再加入至喷雾流化床进行干燥及制粒，制得复方金银花微囊。本发明提供的复方金银花微囊，不仅能有效实现对药品的高效包封，能够防止药品受潮发霉，提高药物的稳定性，延长贮存期；还能掩盖复方金银花颗粒的不良气味，使得患者更容易接受。