本发明公开了一种发动机防盗认证方法及系统，该方法包括：车身控制器学习钥匙信息，并发出请求车辆钥匙的Target ID；发动机控制模块响应Target ID；车身控制器对Target ID进行存储，并通知发动机控制模块；发动机控制模块向车身控制器发出认证Challenge；车身控制器根据Target ID计算出第一验证码，并将第一验证码发送至发动机控制模块；发动机控制模块接收到第一验证码后，通过计算校验判断此次防盗认证是否通过；发动机控制模块向车身控制器发送认证报文；车身控制器根据接收到的认证报文判断此次防盗认证是否通过；若未通过，则发动机控制模块重新向车身控制器发出认证Challenge。本发明能够解决现有技术在车辆下线前会出现认证失效，影响总装车间整车下线的通过率和效率的问题。