本发明涉及一种微生物有机肥料发酵方法，其使用了一种肥料发酵设备，该肥料发酵设备包括框架、进料密封单元和反复发酵单元，所述的底座框右端设置有进料密封单元，底座框下端内壁上设置有反复发酵单元；本发明通过针对有机废料进行压榨，将内部的营养液体榨出，再通过肥料水填充有机肥料的内部，从而极大提升了微生物与有机废料的接触面积，解决了最深处的废料仍未发酵的问题；本发明通过将废料水与废料分离以及通过传送带辅助下料的方式解决了废料淤积在发酵池内会造成内部废料越来越多影响发酵效率的问题。