本公开提供一种轨道交通工程浅埋区间预制叠合结构及其施工方法，涉及轨道交通施工领域，包括箱涵和分布在箱涵两侧的预制桩，预制桩内部第一纵筋与箱涵内的第二纵筋共同配合圆柱螺旋线形连接筋；连接筋的螺旋结构内，第一纵筋远离第二纵筋的一侧设有垂直第一纵筋分布的第一横筋，第二纵筋远离第一纵筋的一侧设有垂直第二纵筋分布的第二横筋通过将围护结构和区间主体结构进行工厂化预制，临时围护结构在完成围护工作后，能够作为永久结构与箱涵进行结合，实现预制方桩围护与区间主体的永临叠合，在满足支撑强度的同时，可以减薄箱涵主体结构的侧墙厚度，并提高施工速度。