本发明公开了一种氨在线分析仪自动控制系统及控制方法，包括人机交互单元，数据采集及自动控制单元，取样单元，烟气流量控制单元，吸收定容单元和连续流动分析单元，数据采集及自动控制单元包括数据采集与处理模块和自动控制模块，数据采集与处理模块用于传输所有设备的开关量及模拟量信号，自动控制模块根据写好的逻辑及人机交互单元输入的相关信息对系统中的所有运行设备进行自动控制；本系统集采样、吸收、定容和送样能力于一体，采样分析精度和时效性高，可以满足氨在线分析仪连续、稳定的测量烟气中的氨浓度，指导氨排放控制系统运行。