本发明公开了一种特高压直流系统的直流线路差动保护方法及系统，对于上下级直流线路采用大差保护+小差保护的方案，利用大差保护判断故障，利用小差保护选线；当大差保护动作时整流侧移相；当收到第一小差保护单元或者第三小差保护单元的动作信号后，整流侧执行重启，当收到第二小差保护单元的动作信号后，整流侧不重启。本发明的直流线路差动保护方法及系统由于大差保护和小差保护都能快速满足动作条件，整流站不需要小差保护的动作信号就可以提前进行动作，因此能够提高保护的动作速度。