本发明公开了一种双流制机车储能系统的控制方法及系统，机车进入制动工况或切换工况时，通过牵引电机对超级电容器组的充电来实现再生制动能量的回收，机车进入牵引工况时，通过超级电容器组对直流侧电容的放电来为牵引电机提供牵引能量，大大提高了再生制动能量的利用率，减小了机车供电制式切换下直流侧电容电压的波动。同时，超级电容器组分别以充电电流指令值、放电电流指令值进行充电和放电，对超级电容器组进行充放电保护，避免了过充和过放，既能够提供一定功率输出，又保留有一定的吸收能量空间；将充电电流指令值和放电电流指令值限制在机车所有器件允许承受的范围内，避免了因过大的充放电电流对机车器件的损坏。