本发明提供一种简便的ADCP流量校准方法及系统，包括计算由底跟踪船速推导的坐标矢量差、由GPS定位信息推导的坐标矢量差以及二者之间的差值；根据各历元底跟踪船速的大小，将差值分配到各历元的底跟踪船速中，实现底跟踪船速的偏差改正；利用ADCP水跟踪获得的相对流速和改正后的底跟踪船速，计算改正后的绝对流速；根据改正后的底跟踪船速和改正后的绝对流速计算断面流量，实现ADCP流量校准。本发明技术方案利用低精度的GPS动态定位结果消除了底质流动对底跟踪船速的影响，实现了ADCP流量的精确校准，非常适用于水文测量和水利工程应用。