本发明公开了一种高分三号全极化SAR数据的有效波高估计方法及系统。该方法包括：获取待估计SAR图像的雷达入射角；分别计算待估计SAR图像在VV、HH、VH三个极化通道上的SAR图像的交叉谱实部；分别计算VV、HH、VH各极化通道的方位向截断波长；分别计算VV、HH、VH各极化通道上的SAR图像的归一化方差；将VV、HH、VH各极化通道上的SAR图像的交叉谱实部输入训练好的深度残差神经网络模型的深度残差卷积分支，将雷达入射角、VV、HH、VH各极化通道的方位向截断波长以及VV、HH、VH各极化通道上的SAR图像的归一化方差输入深度残差神经网络模型的全连接分支，得到待估计SAR图像对应的海浪有效波高度。本发明提供的海浪有效波高估计方法具有简便快捷、精度高的优势。