本发明涉及一种跨区联络线的协调优化方法及系统，随机生成多条跨区联络线的各个调度时段的联络线计划；基于预先定义的可行性判定条件，确定在区域电网当前机组组合方式下的可行的联络线计划；判定所述联络线计划对所有区域电网的当前机组组合方式的可行性，当可行时，输出当前联络线计划，联络线计划制定完成；否则，采用分布式惩罚原始-对偶次梯度优化算法对所述联络线计划与其连接的区域电网进行协调优化，得到新的联络线计划，然后执行上一步。通过上述方案实现各区域电网间跨区联络线计划的快速匹配，同时保护了各区域电网的数据隐私。