本发明揭示了一种基于堆叠系统中设备动态上下线的报文处理方法及系统，所述方法包括：配置堆叠端口对应的第一SFD值；接收报文，并提取报文中的SFD字段；比较SFD字段和第一SFD值，若SFD字段与第一SFD值一致，则判定报文为堆叠报文，若SFD字段与第一SFD值不一致，则判定报文为非堆叠报文。本发明通过报文SFD字段的修改及验证，能够区分堆叠报文和普通报文，避免普通报文进入堆叠端口及堆叠报文进入普通端口，在不增加任何带宽开销的情况下，解决普通端口和堆叠端口相连时报文解析、转发异常等情况。