本发明实施例公开了荧光成像技术领域的一种医学荧光成像影像数据采集系统及其采集方法。本发明的医学荧光成像影像数据采集系统，包括拍摄管理模块、荧光特征存储模块、荧光区域查询模块、荧光数据采集模块和图像检测模块；所述拍摄管理模块，用于通过调节焦距控制采集荧光区域的图像信息；所述荧光特征存储模块，用于存储图像信息中的对比荧光特征信息。本发明在对荧光位置的荧光区域图像进行采集时。通过确定荧光数量以及各荧光区域面积信息，来与标准数据进行对比，从而对拍摄焦距进行自动调节后重新拍摄荧光图像，从而使得采集到的荧光图像影像更加清晰，减少了后期图像的筛选工作。