本发明公开了一种双池的自泵浦SBS脉冲压缩系统，包括：可调谐激光器提供泵浦光，泵浦光经偏振片检偏后穿过第一四分之一波片转变为圆偏振光，再经聚焦透镜后聚焦至第一介质池中作为第一泵浦光；在第一介质池中耦合反应后的压缩脉冲从前窗镜输出再次经过第一四分之一波片，压缩脉冲由圆偏振光转化为S型线偏振光，被偏振片反射后经反射镜和第二四分之一波片再次转化为圆偏振光后经缩束结构进入第二介质池中作为第二泵浦光；由第二介质池的后窗镜和介质材料之间折射率差的菲涅尔反射提供背向传输的反馈光，该反馈光中含有布里渊频移的成分充当“Stokes”种子光被前向传输的第二泵浦光放大压缩后从第二介质池的前窗镜输出，经第二四分之一波片转化为P型线偏振光经反射镜和偏振片输出。