本发明公开了一种用于对主动控制和AGC进行协调控制的方法及系统，属于电力系统控制技术领域。本发明方法，包括：建立送受电网光伏电站的自动发电控制AGC等效模型；控制添加秒级功率扰动主动控制模块的AGC等效模型按照模拟秒级功率扰动主动控制的方式来运行；确定秒级功率扰动频率与AGC频率的比例关系；根据主控系统的主动控制策略，确定秒级功率扰动的频率响应系数；根据修正的有功功率值模拟AGC等效模型按照模拟AGC调节方式模拟AGC运行；当AGC调节结束后，且AGC频率偏差为0时，完成协调控制。本发明能提升大规模光伏电站消纳电网的频率暂态稳定性，尤其是大扰动后的电网频率快速恢复，对电网提升新能源消纳比例提供技术支撑。