本发明的一种铆钉菇菌根菌肥基质的配方、生产工艺及应用，包括铆钉菇菌种、棉子壳、复合肥、霉菌灵和滑石粉，其中各组分的含量为铆钉菇菌种500克‑800克、棉子壳20斤、复合肥150克、霉菌灵5克和滑石粉100克，将铆钉菇菌根菌肥与松针土和育苗基质进行混合，并加入水进行搅拌得到铆钉菇菌根菌肥基质，通过菌根真菌在代谢过程中分泌的各种酶，可以将矿石或土壤中的无机物合成为对树木生长有帮助的有机物，还可以分泌促进植物生长的生长激素和调节素，促进植物生长发育，增强植物的抗逆性，提高成活率。