本发明实施例提供了一种基于故障相残压的全补偿系统直阻设计方法及系统，用于全补偿系统直流电阻理论计算。本发明方法包括：确定允许最大接地残压限值，获取单相对地分布电容，计算单相接地故障最大接地电阻，确定需要补偿的最大电流及所需补偿电流为容性或感性，计算调压变压器最优分接电压，计算线相变换器及调压变压器折算到系统中性点的直流电阻最大值。本发明通过故障相残压限制、电网系统对地分布电容、接地故障最大接地电阻，得到了全补偿系统直流电阻设计的基础理论，该设计理论及方法，可有效减少全补偿系统生产制造成本，避免工程应用中出现设计不合格问题，是补偿变压器直流电阻的优化设计能极大提高补偿精度。