本发明提供了一种双馈风机多频率耦合对功率影响的确定方法及系统，包括：将预先获取的电网单相电压和电流转换至两相正交坐标系中，得到两相正交坐标系中电压值和电流值，基于所述两相正交坐标系中电压和电流值，采用瞬时无功功率理论得到瞬时有功功率和瞬时无功功率，基于所述瞬时有功功率和瞬时无功功率确定次同步扰动下双馈风电机组多频率耦合对输出功率的影响；本发明基于瞬时无功功率理论通过单相电压电流计算瞬时有功功率和瞬时无功功率，有效的确定在次同步扰动下双馈风电机组多频率耦合对输出功率影响。