本发明公开了一种共价捕获目标蛋白的磁性载体制备方法，通过将磁性载体的环氧基与基因改造的含半胱氨酸(cys)的SpyCatcher的侧链巯基定向共价连接，制备得到具有一步纯化共价捕获SpyTag标签蛋白的功能性复合载体。本发明制备的蛋白质修饰磁性载体具有良好的分散性、磁响应性及稳定性，其表面修饰的SpyCatcher具有在温和条件下特异性共价结合SpyTag标签蛋白的能力，可直接从粗蛋白中一步纯化共价捕获SpyTag标签蛋白，在蛋白固定化方面具有极大应用价值。