本发明涉及一种基坑坑底注浆防水加固系统及其注浆方法，包括注浆外管、注浆内管、输料管和装料桶，注浆外管顶部设有钻头，注浆外管管壁上设有多个孔洞A，注浆内管与注浆外管相配合，注浆内管管壁上设有多个孔洞B，注浆内管通过输料管与装料桶相连，装料桶内设有浆料加压设备。注浆方法为利用钻孔机将带有钻头的注浆外管钻入地下，将注浆内管插入，调整内外管相对位置，使将要注浆位置处的孔洞A和孔洞B对齐，通过加压设备控制喷射压力，使喷射混凝土形成圆柱形混凝土柱，连续注浆作业，最终注浆完毕后形成混凝土隔离带。通过本发明注浆防水加固系统可以显著提升施工便利性和安全性，加快施工进度。