本发明公开了一种工业园区的综合能源系统分层分布式控制方法及系统，方法包括以下步骤：S1，采集工业园区综合能源系统的下层数据信息，并建立下层分布自治协调控制模型；S2，采集工业园区综合能源系统的上层数据信息，并建立上层集中自治协调控制模型；S3，利用遗传算法求解下层分布自治协调控制模型和上层集中自治协调控制模型，得到设备配置及资源优化结果；S4，根据设备配置及资源优化结果对工业园区的综合能源系统进行控制。本发明能够优化综合能源系统的资源配置与对工业园区内的能量流动及能源设备进行优化配置。