本发明公开了一种复杂地形流域的降水预报预警系统，包括天气实况数据模块、天气预报数据模块、预报检验模块、信息查询模块和后台管理模块；所述天气实况数据模块包括采集的降雨量、面雨量、土壤湿度和实时预警数据；所述天气预报模块包括短时临近预报模块、短中期预报模块和长期预报模块：所述预报检验模块，针对流域范围内预报的降雨量和有效面雨量，与实际的监测结果进行检验，得出预报的准确率、偏差。本发明针对降雨量预报范围不精细、预报准确率低的问题，利用最新的雷达、快速同化和多种模式等数值预报结果，并结合流域范围内实际的下垫面条件，研发未来6小时逐小时更新的降雨量预报产品，该产品将有效的弥补现有降雨量预报的时间和准确率不足。