本发明提供了一种从蜱cDNA文库中筛选具有抗凝血活性的蛋白质的方法，属于生物技术领域。本发明提供的方法是在免疫学筛选方法基础上，利用抗凝血物质直接与凝血物质结合的特性，增加了与凝血因子物质相结合的步骤，实现针对特定的凝血因子筛选出具有特异性的抗凝血因子的蛋白。与常规免疫学筛选方法相比，本发明增强了筛选的特异性，而且对应的噬斑或者噬菌斑的位置不变，可以直接找到阳性噬斑，对阳性噬斑的基因片段进行扩增和其蛋白质的表达，从而得到具有抗凝血活性的蛋白质。本发明提供的方法筛选靶向性较强，且特异性高，可直接发现有抗凝血活性的功能蛋白。