本发明实施例公开了光谱处理技术领域的一种高光谱图像端元提取方法及系统。本发明的高光谱图像端元提取方法，包括如下步骤：S1、采集光谱图像，并将光谱图像中的色彩划分为端元纯色区和像元渐变色区；S2、根据端元纯色区的面积计算出对应端元的丰度值进行分类存储。本发明通过将采集的光谱图像按照纯色和渐变色的色彩划分，将光谱色彩分为与纯色相对应的单一端元以及与渐变色相对应的多种端元组成的像元，再对纯色部分的面积计算后换算成丰度值，后通过图像对比技术查找渐变色彩像素点中所包含的各类端元信息以及端元所对应的丰度值，再将纯色以及渐变色获取的端元丰度值进行叠加，从而精准的实现对各端元在光谱图像中的提取。