本发明公开了一种自动校准补偿的透明晶圆表面曲率半径测量方法，涉及半导体技术领域，该方法包括：建立各波长与距离值的对应关系；确定晶圆检测范围；移动共焦测距传感器至透明晶圆的检测位置，移动透明晶圆至晶圆检测范围中心位置；判断检测位置是否在晶圆检测范围内：若否则记录轴向调整高度值；若是则选择反射光小孔透过率最大波长作为检测位置的焦点波长，得到其对应的距离值；计算补偿得到高度变化值；移动共焦测距传感器至下一检测位置，重新执行判断步骤直至所有检测位置全部检测完毕；对所有高度变化值进行拟合得到透明晶圆一直径方向的表面曲率半径。该方法适用于透明晶圆的测量，且自动校准补偿测量值以获取高精度的表面曲率半径。