本公开提供了一种基于转速控制的风机保护控制方法及系统，当风机单元的至少一个端口故障时，根据维持发电机工作的最低直流电压和故障情况下的风机发出的功率，得到卸荷电阻的阻值；根据得到阻值投入卸荷电阻，结合风能利用系数，得到转速参考值后与发电机的当前转速做差后输入到PI控制器中进行转速外环控制；根据转速外环控制的输出结果以及直流交轴分量得到调制信号，生成风机前级连接的变换器的开关管驱动信号；本公开在风速不变的情况下风力发电机的风能利用系数减小，输入到发电机中的机械功率降低，从而导致其输出功率也随之减少，既减轻了卸荷电阻的散热问题，还避免了风力发电机发生停机再启的状况，加快了系统的故障恢复。