本发明公开了一种自动化疾病识别系统，属于家禽养殖系统技术领域。其技术方案为：一种自动化疾病识别系统，其中，包括：若干层粪带；相对应位于若干层粪带尾端两侧的两个支撑架，位于若干层粪带尾端外侧，且分别对若干层粪带承粪面的尾端进行监控识别的监控识别单元，以及分别设置在两个支撑架之间，且在每一层粪带尾端上方各设置一个采样单元。本发明的有益效果是：本发明提供的一种自动化疾病识别系统可以实时监控鸭群的健康状况及自动收集病变鸭粪以保障治疗的及时性、样品准确性高、运行连贯。